Harris argumenterer grundlæggende for, at religion – som han anser for ofte at være i modstrid med almindelig fornuft og "ét af de mest perverse misbrug af menneskelig intelligens nogensinde" – udgør en stigende trussel mod vores civilisation.

Pudsigt nok er der ét aspekt af den religiøse tradition, som Sam Harris ikke alene frikender, men tilmed lovsynger med næsegrus beundring - den østlige spiritualitet: "Når Østens store filosofiske mystikere holdes op mod patriarkerne i Vestens filosofiske og teologiske traditioner, er forskellen imidlertid ikke til at tage fejl af: Buddha, Shankara, Padmasambhava, Nagarjuna, Longchenpa og utallige andre helt frem til nutiden har ingen paralleller i Vesten. Vi har i åndelig forstand stået på skuldrene af dværge."

Århundredlange og sofistikerede sufi-traditioner inden for islam samt en lang række indflydelsesrige kristne mystikere dumpes uden videre med et pennestrøg, blottet for argumentation.

Mere ligevægtigt bliver det ikke af, at Harris helt ukritisk hæver østlige spirituelle traditioner over moderne forskning: "Ikke engang nutidens litteratur om bevidsthed, der omfatter filosofi, kognitionsforskning, psykologi og neurovidenskab, kan måle sig med de præcise fænomenologiske studier, som findes overalt i hele den buddhistiske kanon."

Baggrunden for Harris' forkærlighed for disse traditioner skal bl.a. findes i hans erkendelsesteoretiske betragtninger: "Gennem årtusinder har mediterende vidst, at almindelige mennesker kan frigøre sig fra den følelse, de kalder 'jeg', og derved give afkald på følelsen af at være adskilt fra resten af universet. (…) De afslører også en langt dybere forbindelse mellem os selv og resten af universet, end man skulle tro ud fra de almindelige grænser for vores subjektivitet. Der er ingen tvivl om, at oplevelser af denne art er værd at udforske, ligesom der ikke er nogen tvivl om, at de populære religiøse forestillinger, der er vokset op omkring dem, især i Vesten, er lige så farlige, som de er utrolige. En i sandhed rationel tilgang til denne dimension af vores liv ville give os adgang til at udforske rækkevidden af vores subjektivitet med et åbent sind, samtidig med at vi gav afkald på vores religiøse traditioners provinsialisme og dogmatisme til fordel for frie og grundige undersøgelser."

In these talks, Harris discussed a range of experiences that have traditionally been considered “spiritual”—in particular the phenomenon of self-transcendence. Although such experiences tell us nothing about the origins of the cosmos, they confirm some well-established truths about the human mind: Our conventional sense of self is an illusion; positive emotions, such as compassion and serenity, are teachable skills; and the way we think can profoundly influence our lives and the lives of others.

- at arbejde for udbredelsen af et naturalistisk verdensbillede, der bygger på kritisk tænkning og den videnskabelige metode.

Og jeg ville ønske, at de primitive ateister, som har hersket på denne debatportal, ville tage Harris' kloge ord til sig. Men i stedet mener de primitive ateister, at de kan tage videnskaben til indtægt for en masse af deres egne forestillinger, der vitterligt ikke er rationelt belæg for, hvor meget de ellers påberåber sig rationel tænkning.